一般情况下来说，种生基对于命主本身是不会造成任何危害的。但是难免有一些人，在策划使用种生基逆转自己本身的运势的时候，会会被一些利益方面的问题所侵扰。从种生基的费用方面来看，非常昂贵的一笔开销。有许多人为了省去这笔开销而动歪脑筋，自己进行种生基，亦或是贪图便宜，没有找到专业的人士帮助自己进行种生基。这两种情况是非常危险的，种生基作为一种道教秘法，其进行的步骤是非常繁杂的，并且所有步骤缺一不可。如果在步骤上出错，会导致福报作用不到真正的命主身上，而转为作用于他人。这其实也是种生基不能生效的很大一部分原因。
